O původu skotského setra neboli gordonsetra je mnoho dohadů a ani anglická literatura není v této otázce jednotná. Jako nejvěrohodnější je uváděna následující verze.

Na zámku vévodů Gordonů byli odedávna chováni angličtí setři, a to v oblíbené barvě - tricolor, tj. bílo-černo-pálené. Jeden z podřízených ošetřovatelů čtvrtého vévody z Godonu sira Alexandra (1743-1827), po němž bylo jako po jednom ze zakladatelů černého setra s pálením později plemeno pojmenováno, náhodně zkřížil fenu setra s černě pálenou kolií. Tato kolie byla místního rázu, od dnešní kolie se lišila robustní silnou postavou, zavalitou mohutnou hlavou a sudovitým hrudníkem. Produkty tohoto spojení se vévodovi velmi líbily a proto kříženci byli ustáleni v jednotný typ a později v plemeno. Vybraní jedinci byli chovatelsky zlepšováni v loveckých vlastnostech, to se celkem dařilo, ovšem objevovaly se velké bílé znaky, u některých se vyskytovala robustnější stavba těla a chyběla jim setrovská elegance. Tento stav je popisován již v roce 1650.

Největšího pokroku bylo dosaženo počátkem 18. století. Byli přikříženi černo-červení bloodhoundi (angličtí barváři), snad i rotvajleři, kteří dali gordonům do vínku cenné stopařské vlastnosti. Dále již to byla otázka cílevědomého výběru, aby byly vymýceny nežádoucí exterierové znaky po koliích, bloudhoundech i po rotvajlerech. Některé tyto exteriérové znaky se dodnes zachovaly a právě jimi se gordonsetr liší od ostatních setrů, jako například méně spáditá záď, sudovitější tvar hrudníku apod. Po přikřížených plemenech zdědil gordonsetr i některé schopnosti, kterými se rovněž liší od ostatních setrů, a to například větší dispozicí
pro všestrannou práci.

Mnozí autoři uvádějí, že chovatelé gordonsetrů si od nepaměti na kontinentě vypomáhali přikřížením irského setra. Docházelo jistě k určitému osvěžení krve, ale zároveň ke ztrátě typu a mnohdy i pro gordona specifických vlastností. U nás byl tento postup od roku 1935 definitivně zakázán. Přesto se ještě i dnes ve vrzích sice zcela ojediněle objevují "červení gordoni". Při výskytu takovýchto negordonských jedinců chovatel je obvykle zatají a ihned utratí. Pro plemeno je velmi škodlivé, když se o tom poradce chovu nedozví.